新选组目前下辖4个部门——
拔刀队（负责街头巷战、野外冲锋等近身战）。长官为“副长”。
都察局（负责监察队士）。长官为“局长”。
总务司（负责处理行政工作）。长官为“总长”。
财务室（负责掌管财政及后勤）。长官为“室长”。
凌驾在这4位长官之上的，便是大权独揽的新选组总队长。
除此以外，还有不负责具体事务，只负责给总队长出谋划策的“参谋”一职。
拔刀队下辖10支番队，每支番队各有“队长”1名、“副队长”1名、“队士”若干。
都察局下辖基层职务：“目付”。
总务室下辖基层职务：“支配”。
财务室下辖基层职务：“勘定”。
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新选组的组织架构（截至最新章）
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最高管理层——
【京畿镇抚使、新选组总队长】：橘青登
【副长】：土方岁三
【局长】：近藤勇
【总长】：山南敬助
【室长】：（暂时空缺）
【参谋】：清河八郎
拔刀队的10支番队——
【一番队队长】：冲田总司
【二番队队长】：永仓新八
【三番队队长】：斋藤一
【四番队队长】：芹泽鸭
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